秦岭国家植物园标本馆建筑面积3000m2,分为标本存储馆、行政研究馆、科普展示馆3个部分,包含植物标本展示厅、标本存储室、标本制作室、植物种子库、实验室。标本储藏馆设计馆藏量30万份。
2022年,申请了“秦岭国家植物园植物标本馆”国际代码,英文名为 Herbarium of Qinling National Botanical Garden,英文缩写为 QNBG ,秦岭国家植物园植物标本馆国际植物标本馆索引缩写代号为‘QL’。