1、陕西珍稀野生植物保护与繁育国家长期科研基地

2020年，经国家林业和草原局批准在我园设立陕西珍稀野生植物保护与繁育国家长期科研基地，围绕陕西濒危珍稀植物保护研究开展相关工作。

2、陕西省林业科学院珙桐试验示范站

2020年，陕西省林业科学院珙桐试验示范站在秦岭国家植物园设立。在前期珙桐引种驯化的基础上，于2017年开始进行珙桐种子繁育研究，解决了珙桐种子繁育困难、萌发周期长的一些技术难题。建有珙桐示范园150亩，繁育珙桐2万余株，在关中地区试验推广。

3、秦岭生态保护修复科技协同创新中心

2020年，我园与陕西省林业科学院联合共建“秦岭生态保护修复科技协同创新中心”，共同建设一流的科技协同创新团队和资源共享平台，为秦岭生态保护修复提供科技支撑和决策咨询。

4、秦创原·周至县农业科技创新驱动中心博士团工作站

2022年，秦创原·周至县农业科技创新驱动中心博士团工作站在我园设立。我园博士朱琳、管慧锐等入选2023年陕西省“三区”人才特派员。

5、种质资源圃

秦岭国家植物园植物种质资源圃于2017年4月开始建设，总占地面积近22000㎡。包含人工智能温室1座，约2900㎡，日光温室6座，约4600㎡，主要收集保育秦岭特有、珍稀濒危、极小种群以及国家和省级保护野生植物资源。

6、柞水引种保育基地

秦岭国家植物园柞水基地成立于2020年9月，位于秦岭南麓的柞水县乾佑街道大沙粒沟，建成引种保育圃3000㎡，主要用以收集保存秦岭南麓特色药用植物。现收集保存药用植物种质资源200余种 。