大门广场：突出“山、水、木、城”，围绕“高山流水、聚水活木、方木成园、因园而城”的理念而建，有售票处、服务中心、水体景观及多种水生植物。主要功能为交通集散、人流疏导、水生植物展示及游客服务等
标本馆：主要以研究、收集、保存、展示秦岭植物标本为目的，主馆分为标本展藏馆、行政研究馆、科普展示馆，内设植物标本展示厅、植物种质资源库、标本信息管理系统及多媒体演示厅。 
田峪湿地恢复区：分为湿地保育区、湿地恢复区、管理服务区、科普宣教区和合理利用区。 
云监控：对园内重要部位的事态、人流等动态状况进行宏观监视、控制，以便对各种异常情况进行实时取证。监控中心通过大容量视频矩阵将视频显示到大面积的视频拼接屏幕上，有助于及时地了解和掌握，对意外情况能迅速做出正确判断，并给出正确、快速的指挥和处理。
